Президент в 2013 году принял решение о помиловании бывшего владельца нефтяной компании ЮКОС, Михаила Ходорковского. Это было сделано из человеческих соображений, и пресс-секретарь президента, Дмитрий Песков, подтвердил, что президент не сожалеет о своем решении в ответ на вопрос от «Газеты.Ru». Песков добавил, что обещания Ходорковского так и остались на бумаге.
По словам Пескова, президент не испытывает сожаления относительно помилования Ходорковского. В то время гражданин Ходорковский высказал определенные обещания, и президент, руководствуясь гуманитарными принципами, сделал свой выбор. По словам пресс-секретаря, все обещания остались невыполненными и не более того. Песков считает, что это ясно характеризует Ходорковского.
20 декабря 2013 года Владимир Путин подписал указ о помиловании Михаила Ходорковского после того, как получил прошение от него. Адвокаты Ходорковского, однако, утверждали, что им неизвестно о подаче бизнесменом прошения.
Михаил Ходорковский, бывший владелец ЮКОСа, был арестован в 2003 году и в 2005 году приговорен к тюремному заключению за мошенничество и уклонение от уплаты налогов. В 2010 году ему был вынесен еще один приговор. Срок его заключения должен был закончиться в августе 2014 года.